กำหนดและควบคุมมาตรฐานสินค้าเกษตรอาหาร
ดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยมาตรฐานสินค้าเกษตรและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
เสนอแนะนโยบาย แนวทาง และมาตรการในการกำหนด การตรวจสอบรับรอง การควบคุม การวิจัย การพัฒนา การประเมินความเสี่ยง การถ่ายทอด การส่งเสริม และการพัฒนามาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารของประเทศ
กำหนดยุทธศาสตร์ด้านความปลอดภัยสินค้าเกษตรและอาหาร รวมทั้งกำกับดูแล เฝ้าระวัง และเตือนภัย
ประสานงาน กำหนดท่าที และร่วมเจรจาแก้ไขปัญหาด้านเทคนิค ด้านมาตรการที่มิใช่ภาษี และด้านการกำหนดมาตรฐานระหว่างประเทศในส่วนที่เกี่ยวข้องกับสินค้าเกษตรและอาหาร
เป็นหน่วยงานกลางในการประสานงานกับองค์การมาตรฐานระหว่างประเทศด้านคุณภาพและความปลอดภัยของสินค้าเกษตรและอาหาร รวมทั้งการดำเนินการภายใต้ความตกลงว่าด้วยการบังคับใช้มาตรการสุขอนามัยและสุขอนามัยพืช และในส่วนที่เกี่ยวข้องกับสินค้าเกษตรและอาหาร ภายใต้ความตกลงว่าด้วยอุปสรรคทางเทคนิคต่อการค้า
เป็นหน่วยรับรองระบบงานของหน่วยตรวจสอบรับรองและเป็นหน่วยรับรองผู้ประกอบการตรวจสอบมาตรฐานด้านสินค้าเกษตรและอาหารของประเทศ
เป็นศูนย์กลางข้อมูลสารสนเทศด้านการมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหาร
ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของสำนักงานหรือตามที่รัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย
