พัฒนาและสร้างสันติสุขชายแดนใต้
จัดทำยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้สอดคล้องกับนโยบายการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยให้สภาที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้พิจารณาก่อนเสนอคณะรัฐมนตรี
จัดทำแผนปฏิบัติการที่จะดำเนินการในจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้เป็นไปตามยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้
เสนอแนะและบูรณาการแผนงาน และโครงการในด้านการพัฒนาของกระทรวง ทบวง กรม และหน่วยงานอื่นของรัฐ ที่ดำเนินการในจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้เป็นไปตามแผนปฏิบัติการตาม(2)
ดำเนินการตามแผนงานและโครงการต่อเนื่องจากแผนงานและโครงการที่หน่วยงานของรัฐไม่อาจดำเนินการต่อไปได้ ซึ่งหากไม่ดำเนินการจะส่งผลเสียต่อการแก้ไขปัญหาตามยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้
กำกับ เร่งรัด และติดตามการปฏิบัติของหน่วยงานของรัฐฝ่ายพลเรือนให้เป็นไปตามแผนปฏิบัติการตาม(2)
คุ้มครองสิทธิ เสรีภาพ และอำนวยความเป็นธรรมแก่ประชาชน โดยการรับเรื่องราวร้องทุกข์ ให้ความช่วยเหลือ และประสานการปฏิบัติกับหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งตรวจสอบและแก้ไขปัญหาพฤติกรรมที่ไม่เหมาะสมของเจ้าหน้าที่ของรัฐ
ให้ความช่วยเหลือเยียวยาผู้ได้รับความเสียหายและผู้ที่ได้รับผลกระทบจากการกระทำของเจ้าหน้าที่ของรัฐอันเนื่องมาจากเหตุการณ์ความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ตามระเบียบที่ กพต. กำหนด ทั้งนี้ ไม่ตัดสิทธิประโยชน์ที่ผู้ได้รับตามกฎหมายอื่น
เสนอแนะมาตรการสร้างขวัญและกำลังใจสำหรับเจ้าหน้าที่ของรัฐในจังหวัดชายแดนภาคใต้ต่อคณะรัฐมนตรี
เสนอแนะหรือแนะนำต่อหน่วยงานของรัฐเกี่ยวกับลักษณะอันพึงประสงค์ของเจ้าหน้าที่ของรัฐที่จะส่งไปปฏิบัติหน้าที่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ รวมทั้งดำเนินการให้มีการพัฒนาเจ้าหน้าที่ของรัฐฝ่ายพลเรือนซึ่งปฏิบัติหน้าที่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ และบูรณาการการปฏิบัติหน้าที่ของหน่วยงานของรัฐฝ่ายพลเรือนเพื่อให้ปฏิบัติงานได้อย่างมีประสิทธิภาพและสอดคล้องกับสภาพทางสังคม เศรษฐกิจ และวิถีชีวิตของประชาชน
ส่งเสริมการมีส่วนร่วมของประชาชนทุกภาคส่วนในการแก้ไขปัญหาในจังหวัดชายแดนภาคใต้
ส่งเสริม สนับสนุน อำนวยความสะดวกและแก้ไขปัญหาแก่คนไทยในจังหวัดชายแดนภาคใต้ที่เดินทางไปประกอบพิธีฮัจญ์ ณ ราชอาณาจักรซาอุดีอาระเบีย
ส่งเสริมและสนับสนุนการจัดการศึกษาในจังหวัดชายแดนภาคใต้
ประชาสัมพันธ์นโยบาย และการดำเนินงานของ กอ.รมน. และรัฐบาล รวมทั้งเผยแพร่ศิลปวัฒนธรรม จารีตประเพณี ภูมิปัญญาท้องถิ่น เพื่อสร้างความเข้าใจอันดีแก่คนไทยทั้งในและต่างประเทศ
ร่วมมือกับส่วนราชการที่เกี่ยวข้องในการเสริมสร้างความสัมพันธ์ ความเข้าใจอันดีและประสานงานในโครงการ ความร่วมมือ ความช่วยเหลือ และการแก้ไขปัญหาในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้กับต่างประเทศ ทั้งนี้ ภายใต้กรอบนโยบายของรัฐบาลหรือมติคณะรัฐมนตรี รวมทั้งแนวทางหรือนโยบายที่กระทรวงการต่างประเทศได้กำหนดไว้
ส่งเสริมแนวคิดด้านพหุวัฒนธรรมในฐานะที่เป็นส่วนสำคัญของวัฒนธรรมแห่งชาติ รวมถึงการลดการดูหมิ่นทางวัฒนธรรมหรือการจัดการเลือกปฏิบัติทางวัฒนธรรมโดยไม่เป็นธรรมต่อบุคคล ทั้งนี้ เท่าที่ไม่ขัดต่อบทบัญญัติแห่งรัฐธรรมนูญและกฎหมาย
ปฏิบัติการอื่นตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของ กอ.รมน. หรือหน้าที่ที่คณะรัฐมนตรีหรือฝ่ายนโยบายมอบหมาย