บริหารราชการและกำกับหน่วยงานกระทรวงสาธารณสุข
กำหนดนโยบาย เป้าหมาย และผลสัมฤทธิ์ของกระทรวง เพื่อให้สอดคล้องตามแนวทางพระราชดำริ นโยบายรัฐบาล สภาพปัญหาของพื้นที่ และสถานการณ์ของประเทศ ตลอดจนขับเคลื่อนนโยบายตามแนวทางและแผนปฏิบัติราชการ
พัฒนายุทธศาสตร์การบริหารของกระทรวงและการบูรณาการด้านสุขภาพระหว่างองค์กรที่เกี่ยวข้อง เพื่อให้เกิดความชัดเจนในการจัดการสาธารณสุขในภาวะปกติ ภาวะฉุกเฉิน หรือวิกฤติ การคุ้มครองผู้บริโภคและการมีส่วนร่วมของภาครัฐและภาคเอกชน
จัดสรรและพัฒนาระบบบริหารทรัพยากรของกระทรวง เพื่อให้เกิดการประหยัด คุ้มค่า และสมประโยชน์
กำกับ เร่งรัด ติดตาม และประเมินผล รวมทั้งประสานการปฏิบัติราชการด้านการแพทย์และการสาธารณสุข
ดำเนินการและให้บริการด้านการแพทย์และการสาธารณสุข
พัฒนาระบบการเงินการคลังและระบบบริการด้านสุขภาพให้เหมาะสมและได้มาตรฐาน
พัฒนาระบบฐานข้อมูล ระบบเทคโนโลยีสารสนเทศ สารนิเทศและการสื่อสารและการประชาสัมพันธ์ เพื่อใช้ในการบริหารงานและการบริการของหน่วยงานในสังกัดกระทรวง
ส่งเสริม สนับสนุน และประสานการพัฒนาระบบบริการสุขภาพ
ดำเนินงานและพัฒนาความร่วมมือด้านสุขภาพระหว่างประเทศ
ดำเนินการเกี่ยวกับกฎหมายและพัฒนากฎหมายที่เกี่ยวกับการแพทย์และการสาธารณสุขให้ทันสมัยและเหมาะสมยิ่งขึ้น
ส่งเสริมและสนับสนุนให้มีการผลิตและพัฒนาบุคลากรด้านสุขภาพ รวมทั้งศึกษา วิเคราะห์ วิจัย พัฒนา และถ่ายทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยีด้านระบบบริการสุขภาพและด้านการพยาบาลแก่องค์กรภาครัฐ ภาคเอกชน และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น
ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นหน้าที่และอำนาจของสำนักงานปลัดกระทรวงหรือตามที่รัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย