บริหารจัดการทรัพยากรน้ำของประเทศ
รับผิดชอบงานธุรการของ กนช. คณะกรรมการลุ่มน้ำ และคณะอนุกรรมการที่เกี่ยวข้อง
กลั่นกรองและเสนอความเห็นต่อ กนช. ในการจัดทำนโยบายและแผนแม่บทเกี่ยวกับการบริหารทรัพยากรน้ำ การให้ความเห็นชอบแผนปฏิบัติการ แผนงบประมาณการบริหารทรัพยากรน้ำแบบบูรณาการ และแผนแม่บทการใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบำรุงรักษา การฟื้นฟู และการอนุรักษ์ทรัพยากรน้ำในเขตลุ่มน้ำต่าง ๆ
จัดทำผังน้ำเสนอ กนช. เพื่อพิจารณาให้ความเห็นชอบ
ประสานการดำเนินงานกับคณะกรรมการลุ่มน้ำ หน่วยงานของรัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และภาคส่วนต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องเพื่อปฏิบัติตามกฎหมายว่าด้วยทรัพยากรน้ำ
รวบรวมและจัดเก็บข้อมูล ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และริเริ่มกิจกรรมหรือโครงการใด ๆ เพื่อประโยชน์ในการดำเนินงานของ กนช.
ให้คำแนะนำและสนับสนุนหน่วยงานของรัฐและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่เกี่ยวข้องกับการบริหารทรัพยากรน้ำ รวมทั้งการดำเนินงานของคณะกรรมการลุ่มน้ำตามที่ได้รับการร้องขอ
อำนวยการและกำกับดูแลโครงการสำคัญระดับชาติหรือโครงการเร่งด่วนเกี่ยวกับการบริหารทรัพยากรน้ำที่จำเป็นต้องมีการประสานการทำงานหลายหน่วยงาน
ติดตาม ประเมินผล และเสนอความเห็นเกี่ยวกับการดำเนินงานของคณะกรรมการลุ่มน้ำ หน่วยงานของรัฐ และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่เกี่ยวข้องกับการบริหารทรัพยากรน้ำ และรายงานต่อ กนช.
กำกับดูแลและบริหารจัดการระบบสารสนเทศทรัพยากรน้ำทั้งในภาวะปกติและภาวะวิกฤติ
ส่งเสริมและสนับสนุนให้ภาคเอกชน ประชาชน และชุมชนที่เกี่ยวข้องมีส่วนร่วมในด้านการใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบำรุงรักษา การฟื้นฟู การอนุรักษ์ และการดำเนินการอื่นใดเกี่ยวกับทรัพยากรน้ำ
เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งศูนย์บัญชาการเฉพาะกิจ
ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นหน้าที่และอำนาจของสำนักงานหรือที่นายกรัฐมนตรีหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย